не забывайте что виды представления пхп в консоли может отличаться от того что есть на сайте
переменые пхп да и собственно даже версия пхп
так что лучше всего запускать вот так
wget -q --spider http://www.example.com/cronit.php
или
wget -O /dev/null http://www.example.com/cronit.php
ну или через курл.
/usr/bin/curl -s http://yourserver.com/controller >> /path/to/file.log
так вы 100% будете запускать то что вам нужно с теми переменными средами что на самом сайте.