Продолжать хранить в файлах конфигурации. Для безопасного хранения файлов конфигурации занимайтесь безопасностью самого сервера.
База:
- Код вашей "системы на php". Нет, серьёзно, проверяйте свой код, тестируйте.
- Отключите ssh по паролю, используйте ключ с секретом;
- Смените стандартный ssh порт на 2к+, просто чтобы китайцы логи не засоряли;
- Настройте фаервол, в идеале кроме веб сервера и ssh из внешнего мира ничего не должно быть доступно;
- Поддерживайте актуальные версии ПО на сервере (как минимум веб-сервер, php, бд не старше полугода).