Можно в PHP всё сделать. CSV это по сути тот-же txt. Читаете файл в переменную (можно, например, функцией file(), тогда будет сразу массив строк), а затем перебираете этот массив строк через foreach. Каждая строка может быть также разбита на поля: explode("разделитель_полей", $string); Что касается xls, можно не заморачиваться и через Excel сконвертировать его в csv, например, а дальше я уже написал.
$ grep -rl искомый_текст /путь/до/папки/* | xargs perl -p -i -e 's/искомый_текст/заменяемый_текст/g'$ grep -rl '<?' /путь/до/папки/* | xargs perl -p -i -e 's/<?/<?php/g'
$ grep -rl '<?php=' /путь/до/папки/* | xargs perl -p -i -e 's/<?php=/<?=/g'
$ grep -rl '<?phpphp' /путь/до/папки/* | xargs perl -p -i -e 's/<?phpphp/<?php/g'которые не внутри строк