Доброго дня
К сожалению я не могу Вам помочь, так-как не имел опыта использования PyBrain из под Windows. Работаю уже давно в Ubuntu, там с такими вещами проблем меньше.
Вы надеюсь смотрели тут:
https://github.com/pybrain/pybrain/wiki/installation и
http://pybrain.org/docs/quickstart/installation.html?
Эти вещи:
$ python
Python 2.5.2 (r252:60911, Sep 17 2008, 11:21:23)
Type «help», «copyright», «credits» or «license» for more information.
>>> import pybrain
>>>
и
$ cd pybrain/tests
$ python runtests.py
INFO Tests found: […]
…
— Ran 31 tests in 8.749s
OK
У Вас работают?
Если да, то могу предположить, что либо у Вас каким-то образом установилось несколько разных версий Python, либо пути в Path какие-то не прописались.
Вообще народ особо не жалуется на проблемы запуска PyBrain под Windows, значит проблема в Вашей конфигурации а не в библиотеке. Где-то какой-то мелочи не хватает.