php-fpm по сокету начинаются проблемы. вылазит "file not found"
Скорее всего, потому, что не может получить доступ. Или не там ищет.
и права рута давал fpm(ругается)
Чисто для информации. У php-fpm есть ключ "-R" для запуска от root. Но
так делать не надо.
и изменял владельца папки на того кто запускает fpm
У вас должен и nginx и конкретный пул FPM работать (работать != запускаться - запускаются оба от рута изначально) от одного пользователя (или группы, но с пользователем вам будет проще). Например, www-data.
У обоих этот пользователь настраивается в конфиге. У nginx - в главном, у пула php-fpm - в конфиге конкретного пула (разные пулы могут работать от разных пользователей).
И директория с хоста в виртуальной машине тоже должна монтироваться с правами для этого же пользователя.