и способ расшифровки должен быть непопулярным
Все преимущество популярных способов шифрования в том, что они проверены временем, рекомендованы сообществом и являются математически усточивыми. Непопулярные способы зачастую либо небезопасны, либо неудобны для использоавния, поэтому такое требование совершенно непонятно.
Правильный подход - использовать популярный и рекомендуемый сейчас способ шифрования, но важнее понять как хранить конфиденциальную информацию (тот же самый мастер пароль или вектор инициализации) безопасным способом.
Поэтому было бы неплохо пояснить почему именно непопулярный, скорее всего ваш выбор ошибочен. И использовать популярные библиотеки (cryptography, PyCrypto, PyNaCl ) и вопрос скорее не в библиотеке, а в алгоритме шифрования - почти все популярные алгоритмы можно использовать любой библиотекой