А какие сложности? Добавляете так же, как обычно, добавляете записи в таблицу, ничего особенного. У вас же есть какие-то данные по скиллу (айди или нейм), чтобы его как-то найти в таблице!? Если скилла нет ещё в таблице, то сначала его добавляете, потом берёте его айди, потом добавляете запись в таблицу, которая связывает таблицу разработников и таблицу скиллов.
3,4,5. Плюс приватные служебные методы, которые нужны для других методов можно либо сразу после этого метода размещать, или в конце класса в отдельной "секции"