PDO?
Хотя какой-бы ни был инструмент - им надо уметь пользоваться. в принципе в sql-инъекциях нет ничего невероятного, и PDO дает все необходимые для защиты инструменты.
ставите плагин для вашего репозитария.
настраиваете job - добавляете проверку репозитария, как следующий шаг указываете Execute shell script - в нем пишите нужные команды. пример
в общем никакой магии.
если у Вас есть свой DBA (т.е. вы уже платите за сопровождение БД) или Вы сами DBА - можете выбрать п.2
в остальных случаях чаще всего выгоднее получается п.1.
у меня был подобный опыт - я тупо задерживался на работе на час-полтора. Пока мозги еще варят. Плюс в транспорте время можно тратить с пользой - как минимум подтягиват язык. Я так читал профильные статьи на английском - но для этого какой-то базис надо.