попробуйте завернуть это все в транзакцию - по крайней мере коммит будет 1, а не 400К.
START TRANSACTION;
SET AUTOCOMMIT=0;
UPDATE sp_germany as a, sp_germany_small as b
SET a.product_price = b.product_price
WHERE b.product_artikul = a.product_artikul;
COMMIT;
SET AUTOCOMMIT=1;