Вариант1:
1. Сделать форк Yii2 и прямо в этих классах править их классы
2. Тут же посадить свои модули
3. Законтрибьютить в фреймворк и помочь с ошибками нам (сообществу)
Варинат2:
1. Сделать свое приложение (а-ля common) со своим неймспейсом, в нем наследовать и исправлять все классы yii2 и в нем же посадить модули
2. Превратить его в composer-пакет и использовать его в своих приложениях
В обоих вариантах как понимаете идет одно — выделение своего абстрактного common (он может быть не common, у меня например это makspass) а свои приложения будут использовать только нужное
А разве нужно подключать неймспейсы, если они совпадают с родителськой директорией?
Я кстати делал composer update когда в Симфони подключал свои бандлы
это потому что нет телепатов, и никто не знает, что вы будете использовать
htaccess сделан для случая использования Апача, а если вы его не пользуете -- просто игнорьте