по-разному, по опыту я тут должен у вас спрашивать, как сделать,
но я делал модули отдельные и как композер-пакет, основной проект вообще делаю по DDD, но тут др случай, может сделать так — выделить доменное ядро, в нем сделать модули, и в каждом приложении подключать эти модули....
есть 2 приложения на Yii2. Они состоят из "common"
Не совсем понятно — как у вас в каждом приложении отдельный common? Что вы понимаете под приложением? Я понимаю под ним ровесника пакпи common —
например приложения frontend и backend
Скиньте хотя бы скрин папок — поверьте, всем плевать как там у вас (без кода тем более) и когда есть примеры крутых архитектур Симфони