Можно взять любой Linux или *BSD, накатить Samba и настроить. Как тут уже сказали - есть настройка через Web.
Независимо от того, на чём делать сервер (Samba или Windows) - нужно сделать домен (Samba умеет).
А вот как распределить доступ - зависит от того, что надо обеспечить и что надо запретить. Тут надо смотреть на схему docflow Вашей конторы.
Я бы сделал примерно так:
Для каждого вида работы - создаём группу и шару (share). Доступ в шару - только этой группе. Если надо - можно дать доступ двум группам: одной только на чтение, второй на полный доступ.
Дальше надо приучить людей класть файлы именно в ту шару, куда нужно. А не в первую попавшуюся.
Для защиты от шифровальщиков - нары надо сделать невидимыми и на клиентах не монтировать как букву. Защита убогая/ненадёжная, но часть шифровальщиков на ней обломается.
А для реальной защиты - только бэкап.