Мне кажется нормальным позволить некоторое время изменять залитые файлы, особенно если юзеры разделены по правам доступа и не могут менять чужие файлы, а только свои. А в полночь (или в три часа ночи) скриптом изменить владельца файла и права доступа.
А вообще, мне кажется, Ваши требования вышли за границу возможностей файловой системы. Это лучше сделать через Web-доступ, где скриптами можно сделать что угодно.