АртемЪ

Понятно, что должно пройти 15 минут бездействия. Но как Windows отличает их?

В системе зарегистрированы устройства пользовательского ввода - мышь, клавиатура, тачпад, и.т.д.
Система постоянно опрашивает эти устройства на предмет событий.
Опрос происходит довольно часто, частота определяется драйвером - как правило от сотни опросов в секунду до тысячи.
Если вы нажали клавишу, сдвинули мышку, прикоснулись к тачпаду - произошло событие пользовательского ввода, зарегистрированное в системе.

Если таковых событий нет на протяжении какого-то времени - значит пользователь не проявляет активность в это время.
Это и считается бездействием.
Например не было в течении 15минут таких событий - можно вывести компьютер в гибернацию.
Однако перед выводом в гибернацию или сон, кроме активности дополнительно проверяются еще некоторые вещи - явные запреты на перевод такие режимы выставленные некоторыми приложениями, или активность сервисных процессов системы.

Я помню что где то есть файл, который открываешь и там прям написано откуда грузиться системе, текстом прописаны названия оси... Где он лежит, как называется) Мне нужно именно его найти)

Файл называется boot.ini лежит в корне системного диска.
Начиная с Windows Vista не используется, т.к полностью сменен формат хранения данной информации.

В общем в семерке его просто нет.

если на железе включен впн и весь трафик заворачивается в этот впн...

Ну если у вас трафик весь трафик завернут в VPN значит и голосовой пойдет туда же.
Если конечно вы нормально завернули его, например на роутере.

не сливает ли само voip приложение твой реальный ip

А что такое реальный ip в вашем понимании?
Если реальный ip это адрес на интерфейсе - ну конечно приложение может его слить, только обычно это серый адрес.
Если реальный ip это тот с которого вы в интернет выходите - при использовании VPN это адрес вашего VPN сервера. Его и так все видят, зачем его еще как-то сливать.

Установил SDD, на него поставил систему, а с жесткого диска решил удалить системный раздел.

А вы уверены что загрузка идет с SSD? Похоже, что активный раздел у вас на жестком.

И теперь здесь два раздела E...

Нет, разделов у вас на диске всего пять.
Разделы буквы не имеют. Букву имеет том. Том E: у вас расположен на двух разделах.

Как их удалить и сделать разделы все снова базовыми?..

diskpart
list disk
sel disk номер
clean
Удалит с диска всю разметку, после чего заново инициализируете диск, создадите разделы - в общем полностью чистый диск, как с завода.
Только при выборе диска не ошибитесь, и не очистите диск с важными данными.

Процесс system нагружает жесткий диск через какое то время бездействия компьютера, что делать?

Это штатное поведение Windows.
При бездействии запускаются сервисные программы - оптимизация дисков, установка обновлений, и.т.д.
Как только система видит что компьютер не используется - стартует сервисные утилиты, если пользователь опять начал работать, их работа прекращается.