АртемЪ

с помощью которой можно смотреть фотографии в хронологическом порядке из опреденной папки (включая вложенные), основываясь на EXIF дате съемки

Такое приложение называется "Проводник" и присутствует во всех Windows из коробки.

Как заставить яндекс быстрее индексировать страницы?

Для этого нужно устроится в руководство яндекса.

Вот с того же "Тостер", заданный вопрос, моментально появляется в поисковой выдаче Яндекс,

Так тут и посещаемость больше.

Не работал с Android Studio и не знаю его требований к памяти, но это нетрудно замерить.

В данный момент времени для комфортной работы с браузером нужно 8гб.
Если кроме браузера будет еще что-то активно использующее оперативную память, надо больше.
Насколько больше - посмотрите какой объем памяти занимает ваша студия, и все связанные с ней процессы.
В общем я бы посоветовал не меньше 16.

Если к примеру ядро unix написано на Си, а процессор понимает только двоичную систему счисления, то как тогда всё это работает?

Работает очень просто- процессор исполняет машинный код.

Машинный код содержит инструкции - указания процессору выполнить определенные операции над данными и сами данные.
Любая программа написанная на любом языке преобразовывается в машинный код.
Язык программирования это удобный для человека язык, а на выходе - всегда машинный код.

Дефрагментацию HDD прекрасно делает ОС - начиная с windows 8 это делается автоматом в фоновом режиме.
SSD дефрагментировать в принципе невозможно.

Все специальные алгоритмы для дефрагментации SSD это просто профанация, а утилиты такого рода выпускают мошенники.
Любой человек имеющий хотя бы базовое представление о работе SSD вам это скажет.

Решил стать программистом, но немного неприятно кодить не понимая, что происходит под капотом.

Разумно.

Книга, которая объяснит как работает ПК начиная с атомного уровня

Одной книгой тут не обойтись, и следует понимать что это довольно большой пласт знаний.
Но тем не менее я бы порекомендовал три книги, в следующем порядке -

1. Рудольф Сворень "Электроника шаг, за шагом"
   
2. Чарльз Петцольд "Код. Тайный язык информатики".
   
3. Эндрю Таннебаум "Архитектура компьютера"
   

Прочтение этих книг даст понимание работы от физики полупроводников, до операционных систем.
Книги с низким порогом вхождения, не требуют специфических знаний, объясняется очень доходчиво, и все вместе дают четкое понимание как это все работает.
Этого вполне достаточно.
А уж дальше - если где надо углубиться в специфику, будет уже понимание какие именно книги искать.

Стоит ли овчинка выделки?

Невозможно ответить не зная нагрузку.

В качестве интернет шлюза и точки доступа в большинстве случаев выгоднее использовать специализированное устройство - роутер. Например микротик - дешево и сердито.

Файлопомойка, самба и торрент особых требований к процессору не предъявляют - там все зависит от нагрузки. Сколько пользователей и какие скорости.

Веб-сервер - тоже зависит от того что там будет на нем крутится.

Смотрите текущую нагрузку на систему, выясняйте где узкое место, чего не хватает - память, процессор, диск.
И уже исходя из этого формируйте список требований к новой системе.

А так у вас получается замена какого-то компьютера на какой-то другой. И результат будет наверное какой-то, может быть положительный, а может и какой-то отрицательный.

Как быть с «законом Яровой» при создании информационного блога?

Да вобщем-то никак.
Так называемый "Закон Яровой" это не закон. Это народное название целого пакета поправок к законодательству.
В данном случае непонятно о какой именно поправке идет речь и каким образом вас это касается.

возможность комментирования - это признак ОРИ

Что такое ОРИ? Гугл выдает ссылку на сайт парфюмерной компании. Каким образом это относится к возможности комментирования?

Заходя через РДП на виндовый серв я не вижу нигде видеороликов, то есть через FileZila их видно, а вот если заходить по рдп через локальный адрес то ничего не видно.

Либо смотрите не там, либо прав нет.

Что сможет читать правительство, если я пользуюсь только https?

Начнем с того, что правительство вообще не читает ваши данные, им это нафиг не надо, у них совсем другая работа.
Ваши данные могут читать спецслужбы.

если я посещаю исключительно https-ресурсы правительство будет пол года хранить мой шифрованный мусор и не сможет ничего прочитать?

Хранить ваш трафик будет не правительство, а ваш провайдер. Прочитать его смогут спецслужбы, т.к у них есть ключи шифрования.

какой смысл хранить шифрованный трафик за такие бешеные деньги?

Деньги серьезные конечно, но не такие уж огромные, смотря с чем сравнивать.
Тут есть несколько моментов -
Хранится будет далеко не весь трафик - никому не интересно и не нужно хранить тонны мусора.
Все ваши торренты, загрузки файлов и.т.д - никто хранить не будет.
На хранение будет в первую очередь отправляться переписка в популярных мессенджерах, и трафик на популярные ресурсы вроде ВК, фэйсбуков, твиттеров, и.т.д.

По надежности - без разницы.
Если чисто под торренты 24/7 - RED, хотя подойдет и BLACK.

Памяти крайне мало, для комфортной работы с офисными задачами нужно 8Гб
Для ваших целей -
Добавить памяти до 8Гб
Купить SSD под систему.

Реально ли перехватить и расшифровать SSL/TLS трафик?

Вполне.
Чтобы перехватить нужно иметь доступ к трафику, чтобы расшифровать нужно иметь ключи шифрования.

Как сломать антенну бесконтактной оплаты в карте?

Элементарно. Разломите карту пополам.

Разница есть.
Я так понимаю речь идет про протокол RDP - это проприетарный протокол разработанный специально для Windows, и активно использующий функции этой системы.
Использовать все возможности и преимущества этого протокола можно только подключаясь с машины под управлением Windows к машине под управлением Windows.
Опять же существуют разные версии - протокол постоянно обновляется и появляются новые возможности.
Подключение с других систем возможно, и прекрасно работает. Но некоторые возможности не работают, или работают не так хорошо.

1Server2003 (TrafficInspector+Kaspersky)

Весьма странно, обычно это делается на роутере.
А если уж программный роутер поднимают, ну не на windows же в самом деле.

Хост и VM разместить на SSD. Из 3 HDD сделать RAID5 для баз и файлов

RAID5 для баз звучит дико.
Нужна отказоустойчивость - ставьте зеркало, нужна скорость -откажитесь от рэйда, поставьте SSD.

Терминальный доступ как рабочий клиент для выхода в инет для слабых компьютеров.

Это на сервере где всего 32Гб памяти и куча сервисов крутится? Или под выходом в интернет понимается не запуск браузера?

Вообще надо определится что наиболее критично и востребовано, и танцевать оттуда. А уж потом пытаться втиснуть остальное если ресурсы останутся.

Так же они могут выключать сервер, ставить ПО и так далее. Почему так происходит? Я же не давал им администраторов.

Значит ваши пользователи имеют права администратора.

как огранить пользователей до уровня "Пользуйся чем дают", по убирать из меню ПУСК все программы которые их не касаются и вообще запретить трогать сервер?

gpedit.msc - Политики ограниченного использования программ