Вы просто не так делаете, свою переменную нужно назначать для каждого слайдера, чтобы запомнить инстанс, а потом уже вызывать метод.
var slider_1 = $(selector).bxSlider();
var slider_2 = $(selector).bxSlider();
var slider_3 = $(selector).bxSlider();
slider_3.destroy();
Получить инстанс из селектора невозможно, так как плагин не предусматривает такой возможности.
Upd: еще вариант, примерно так:
var storage = {};
storage[0] = $(selector).bxSlider();
$(selector).data("instance", 0);
storage[1] = $(selector).bxSlider();
$(selector).data("instance", 1);
storage[2] = $(selector).bxSlider();
$(selector).data("instance", 2);
// и теперь мы может узнать инстанс из селектора
var instanceId = $(selector).data('instance');
var instace = storage[instanseId];
instance.destroy();