Для всех пользователей 1 обработчик, который принимает ВСЕ письма (catch-all), и уже по имени письма понимает что и с кем надо делать.
Физически ящики конечно не создаются.
Сам C# тут по факту ни при чем - настраивается мейл-сервер, который редиректит обработку всех писем в какой нить скрипт/демон/etc в договоренном со скриптом формате