GavriKos

класс Level, у него есть поле List winFrases. Там храните выигрышные фразы. проверяете что ввел пользователь с каждым элементом.
Многомерный массив тут не нужен.

По моему спектрограмма и амплитуда - разные вещи.

Спектр получаете через быстрое преобразование Фурье. А амплитуда - это вроде бы как раз то что и содержит waf-файл. Библиотек чтения waf много - гугл в помощь.

Посмотрите в сторону ServiceStack

Если вдаваться "глубоко" - c# компилируется в MSIL (тем же Mono), дальше несколько вариантов.
1) MSIL исполняется некоей "виртуальной машиной" на конкретном устройстве, причем среда исполнения интегрирована в приложение в виде библиотеки
2) MSIL транслируется в какой нить c++, а тот в свою очередь - в машинный код целевой платформы.

Оба варианта работают в Unity, первый вроде в Xamarin.
Если вы новичок - то не лезьте сильно в дебри - берите двигло какое нибудь и используйте.

Читаете весь файл в переменную, патчите в переменной, записываете всю переменную в файл.

Самое примитивное - делайте split один раз. По возможности - вообще от него избавьтесь.
Дальше - можно использовать в качестве первого списка hashset - по нему поиск очень быстрый. Но вот время на заполнение может портатите больше.
Еще из вариантов - удалять найденую строку из первого листа - чтобы он с каждым поиском становился все меньше. Черт его подойдет ли под вашу задачу (дубликаты там всякие), ну и List для такого удаления не очень подходит.

А как вы пробуете сохранить и что у вас не получается?

Без циклов? Даже без неявных (Contains содержит цикл)? ИМХО нет.

Что значит "не пашет"? Ошибки какие?

Можно через винапи попробовать:
stackoverflow.com/questions/6766147/how-to-manage-...

Скорее всего потому, что в данном случае ключом является уникальный инстанс IniFormat. Сравнение по значению Case и Key не проводится.