Если именно про считывающую головку - то почему сразу НЖМД? Есть еще магнитная лента, да и в любом CD/DVD-роме есть считывающая головка.
Сложно сказать что то конкретное, но то, в какой системе исчисления хранится информация в некотором роде определяет формат головки. Например, для двоичной системы достаточно распознать есть сигнал или нет. Для троичной такое уже не пройдет - нужно три уровня сигнала (есть сигнал, пол сигнала, нет сигнала), что усложняет конструкцию считывающей головки. По логике чем выше разрядность системы исчисления, в которой хранится информация - тем точнее должна быть головка (тем чувствительнее?). Плюс наверное в случае с оптическими системами вообще потребуется другой формат записи - не уверен что по отражению можно адекватно определить глубину ямочки на диске.
Еще одно предположение - сдвиги головки при переходе через "байты", которые тоже будут иметь разные размеры в зависимости от системы исчисления.