При загрузке страницы на мобильном, меню по умолчанию не скрыто. Через несколько секунд, видимо, скрывается с помощью javascript и выводится меню для мобильных. Попробуйте в css жестко прописать display: hidden; и менять на display: visible; для широких экранов.
Можно и табличной разметкой попробовать: codepen.io/Air-Petr/details/xVWJZJ @media так или иначе нужно будет использовать, чтобы на мобильных всё друг под другом размещалось
Даже если такой инструмент и есть, то адаптивность он точно не прикрутит на сайт - в этом деле человек нужен.
Возможно есть смысл просто оказаться от фотошопа в пользу подобного рода программ: pinegrow.com/. Но создать действительно уникальный дизайн, думаю, в них не получится.
ИМХО, и на Bootstrap, и с "0" можно как г*но сделать, так и конфетку. Заказчику можно было сказать, что я на Bootstrap сделаю и взять от него только сетку (или "только" ещё что-нибудь, что тебе поможет не изобретать велосипед). В любом случае надо стараться делать так, как хочет заказчик: у него деньги, он и "музыку заказывает".
Как вариант просто начать верстать "mobile first". Сначала одним столбцом делаешь стили для основных блоков. Потом начинаешь постепенно (по мере увеличения ширины экрана) позиционировать эти элементы. В зависимости от проекта можно либо сетки всякие использовать, либо обычными 'float' и 'position: absolute' делать layout (позиционирование). Брейкпоинты можно из того же Bootstrap взять. Мне кажется, тем людям, которые дали тебе задание, даже понравится, что ты всё сделал без лишних вопросов. А если им что-то не понравится в мобильной версии, то всегда можно сослаться на отсутствие PSD-макета или ТЗ по мобильной версии.
Можно попробовать такой код при загрузке страницы: window.location.hash = '';
Он отбросит всё, что перед # в командной строке. Должно сработать. В любом случае надо искать решение через JS. Можно в History API покопать. Вот например хорошая статья.