1. Любой стандартный линуксовый дистрибутив притаскивает с собой всё для полноценной работы. Винда при самостоятельной установке — голая бесполезная система (ну ок, есть браузер, солитёр и медиаплеер). На ноутбуки производители накатывают утилиты первой необходимости, но в самоустановленной win10 нет даже смотрелки фотографий. Кучу мелкого софта нужно доставлять. pdf, текстовые процессоры, архиваторы — вот этого всего на винде из коробки нет. Большая часть кодеков в 10-ке вроде бы стала прилетать самостоятельно, долгое время их тоже надо было ставить руками (угу, т.е. было так, что плеер есть, а смотреть ничего кроме wmv он толком не может).
2. Отсутствие репозиториев. MS Store — помойка. Если Google Play содержит много хлама, но там есть правильные программы, то в MS Store нет даже Steam'a, не говоря про всякие полезные утилиты тип winzip и пр. Но поиск вам, конечно, выдаст кучу китайского adware с релевантными названиями. Фактически весь софт надо искать в междусетьях, качать бинари (благо они совместимы см. пункт 5) из недостоверных источников и ставить ручками (кстати, понятие автоматической установки правильных версий зависимостей винде не знакомо), зачастую потом ручками же и обновлять. И именно этот процесс приводит к заражению виндовых машин вирусами (или как минимум adware) даже у прожжённых айтишников.
Т.е. на винде рекомендуется сначала поставить антивирь с активной защитой, и только потом можно ставить остальной софт. Почему MS до сих пор не осилила сделать нормальный магазин, я отказываюсь понимать. Этот пункт для меня является самым острым подводным камнем.
3. Драйвера. Под линухом вы легко может понять, что у вас за устройства. Но может не найти драйвера. По виндой, всё наоборот. Вы, скорее всего, найдёт драйвер, но понять, что у вас за устройства система часто не может. Хотя в 10ке вроде бы это полечили, при недавней переустановке в кое-то веке не пришлось рассказывать системе, что у меня за материнская плата.
4. В обычном режиме Администратор не имеет полного доступа к системе. Это у линуксоидов вызывает культурный шок. Чтобы получить полный доступ, нужно перезагружаться в спец. режиме (есть вроде бы альтернативный хак, как повысить себе уровень привилегий на работающей системе, но он одной мышкой точно не делается).
5. В линуксе большая часть софта полагается на динамические системные библиотеки. В видне софт идёт со статической линковкой системных библиотек. Соответственно размер любого софта и обновлений под виндой в разы больше. Но если у вас хороший канал, то вы этого не заметите.
6. Винда различает порты usb. Если переткнуть устройство в другой usb, винда будет считать его новым устройством. Но это обычно мелочь, если вы не занимаетесь отладкой устройств по usb и не фиксирует буквы (ну да, у вас будут буквы вместо произвольных точек монтирования, хотя точки монтирования тоже где-то есть) для внешних дисков.
7. Линух легко читает виндовые разделы. Винда с линксовыми работает сильно хуже.
8. Сильно меньшая доступность документации по тонкой настройке системы, которая в целом тюнится так же хорошо, как линукс.
9. В линуксе вы может использовать gui и console равноправно. В винде, в общем, будет только gui. powershell достаточно удобен, но софта, работающего в консоле почти нет. В частности, при разработке, в линуксе я запускаю IDE для того, чтобы как-то улучшить разработку, в винде нормально разрабатывать можно только в IDE.
10. Sym, hard линки. Считайте, что в винде их у вас не будет. Но система будет подсовывать вам алиасы некоторых ваших директорий в некоторых ситуациях.