Drno

rm -r папка...

Ну возможно он восстановился как то из бэкапа и там изменился идентификатор. либо перехватывают ssh запрос...
либо сменился IP
я бы вопрос в техПО задал хостинга

rsync. Я простая команда. Чего еще нало то?

WinSCP пробуйте. раз так уж надо отключать зачем то вход по паролю
И нет - обмен файлов не должен быть такой же простой как в "проводнике". это дыра огромная.

если она с вами в 1 локальной сети - воспользуйтесь сканером сети чтобы найти её IP
либо посмотрите какой IP она получила по DHCP, на роутере..

если не в одной сети - то никак

установить туда любое граф окружение, и воспроизвести в нём уже действия..

Сервис для sustemD делаешь.
И запускаешь его как любую службу -
systemctl start mybot.service

Всё будет работать бесконечно

Screen делают для другого. Когда у тебя есть длинный скрипт и может разорваться сессия

пинг на сервере может быть просто отключен... ибо нефиг)

Протоколы sFTP или FTP не предназначены так работать. Скачайте файлы себе на ПК, сделайте изменения, залейте файлы обратно.
Это едиственно верный вариант.

Либо подключайтесь к серверу по ssh и работайте там напрямую

ssh клиент - это просто программа для подключения. запускайте скприты в фоне или systemD, если надо что бы они всегд аработаели

используй отдельнцй FTP сервер

IP должны быть разные. Сделай соответствующие настройки в VB

проброс портов iptables + включить NAT в ядре на сервере

К тем, которые выделенны для частного диапазона
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A7%D0%B0%D1%81%D...
ну и понятно что localhost - он же 127.0.0.1 впридачу

Но в целом формулировка вопроса слишком размыта, т.к. адрес может быть публичным, но там будет ограничение на подключение ssh по определенным IP например, либо провайдер, допустим твой, блокирует этот адрес(как это с РКН происходит к примеру), либо там вообще не подня ssh сервер, как указано выше.
Очень много неизвестных

а причем тут доп окна ssh, если она черным по белому просит или не запусктаь её от root или убрать эту проверку из исполняемого файла?
да и если она требует графич стола, то без него ты не обойдешься жеж... разве что псевдографикой(не уверен)

У хоста к которому цепляешь меняется ssh key. Такого не должно происходить. Обычно он меняется при переустановке системы