Наймите нормального сисадмина, хотя бы разово для настройки всего этого добра.
У умных учеников/учителей нет банально того практического опыта и навыков которые для этого требуются.
Я бы делал для учеников - RemoteApp для каждой программы.
Для учителей - полную rdp сессию.
Для разделения доступа к файлам - вынести на отдельный диск/папку файлы которые надо расшарить, далее уже по подпапкам внутри задать права для соответствующих групп пользователей
Учетки учеников будут иметь доступ к системным файлам, иначе просто не смогут зайти по удаленке...
Другое дело что им можно урезать права на минимум, чтоб не могли ничего изменять