С помощью gparted уменьшаете разделы и сам диск до нужной емкости(чуть меньше второго диска)
Вставляете второй диск
Клонируете с первого на второй с помощью r-drive image, загрузившись с cd или флешки с ним
Отключаете первый диск, возможно получите ругань на раздел загрузки, тогда сделайте fscheck при первом запуске
На виртуалках постоянно этот вариант практикую, мне удобно