какой провайдер? какой роутер? как подключен ПК - по вифи или кабелем? сколько лет роутеру? что значит "плохой" ?? плохой круглосуточно или в конкретные часы (например вечером) ? пробовал ли напрямую кабель в ПК воткнуть и проверить?
диску пофигу. просто приходится искать среди кучи мелких файлов.
да, разбив их по папкам Вы ускорите поиск.
обычно много мелких файлов советуется хранить на SSD, там не "налога" ЦП при поиске