У знакомого была подобная проблема — как оказалалось, причина в БП, тот был загрязнен, перегревался и комп вис. посмотрите, почистите железо.
И попробуте memtest прогнать, мало ли.
попробуйте какой нибудь 3g wifi ротуер. В них у всех есть rx/tx порт + самодельная приблуда для выполнения заданных действий (контроллер + реле например).
Готовых решений не встречал, самому интересно.
на гигабите такая разница в скорости объясняется очень просто — быстродействие HDD либо нагрузка на ЦП/шины данных.
на 100 мбит разница в скорости непонятна, если железо слабое, тогда объясняется тем, что samba более тяжелое приложение чем фтп.
Уточните железо.