https://support.apple.com/ru-ru/HT201716
или по хардкору: sudo mdutil -E / - для текущего диска (с которого бутнулись) sudo mdutil -E /Volumes/DriveName - для другого диска.
ибо крестик - это закрытие текущего окна, а не софтины. поэтому табы и не сохраняются.
если напрягает, поставь любой экстеншен для сохранения истории табов.