Дмитрий Кинаш

1) "Запускаю копию модуля выгрузки на сайт из "Управление торговлей"" - о чем речь? Вы скачали обработку и пытаетесь запустить или вы скачали расширение и пытаетесь его установить?
2) "он не получает доступ к номенклатуре" - в каком смысле? Так и говорит, что нет доступа? Или какие-то ошибки при выполнении?
3) "В 1С предприятии есть какой-то фаервол, которые блокирует запуск сторонних модулей?" - в 1С:Предприятии есть ряд механизмов защиты:

- Защита на уровне прав - пользователю просто не дают роль для запуска внешних обработок, для использования встроенных обработок или для доступа к данным
- Защита на уровне выполнения - внешние обработки по-умолчанию запускаются в "безопасном режиме" с запретом на выполнение деструктивных действий.

https://wonderland.v8.1c.ru/blog/skhema-dannykh/

Варианты ошибки в данной точке:
1) Поле ДокументОснование не заполнено - исправить проверкой значения.
2) Поле ДокументОснование заполнено, но таким типом документа, у которого нет табличной части Продукция - исправить проверкой типа основания
3) У основания есть табличная часть Продукция, но там нет значений - прежде чем обращаться к строкам нужно поставить проверку их наличия.

У вас похоже на вторую ошибку, но может и первая. Третья ошибка сгенерирует сообщение про обращение за пределы индекса.

Кстати, тут может еще быть проблема при обращении к свойству Печать, если Номенклатура - это сложный тип, а не просто ссылка на справочник.

В общем нужно проверку сделать. Что-то типа такого:

Если ТипЗнч(Источник.ДокументОснования) <> Тип("ДокументСсылка.ЗаказНаРазработку") Тогда
	Возврат;
ИначеЕсли Источник.ДокументОснования.Продукция.Количество() = 0 Тогда
	Возврат;
КонецЕсли;

Описание этих и других программ - https://solutions.1c.ru/catalog/

1) При работе в файловой базе все находится в памяти вашего компьютера - тут нет никаких проблем. Но когда дело касается взаимодействия вашего компьютера-клиента с компьютером-сервером, то сервер уже не имеет доступа к вашей оперативке - передаваемая в обработку информация пакуются в контейнеры и отправляются по сети. Пока все понятно?

2) При программировании на платформе 1С при работе с базой данных мы работаем или с Ссылками, или с полученными с их помощью Объектами. Ссылка отличается от Объекта своей неизменностью - это просто адрес с указанием типа данных и уникального идентификатора. Но Объект в отличии от Ссылки можно изменить и записать назад в базу по адресу этой Ссылки. Думаю это тоже понятно.

3) Что вы пытаетесь сделать? У вас локально в памяти есть измененный Объект (в переменной Источник) и вы хотите передать его на сервер для дальнейшей параллельной обработки и тут и там. К сожалению мы работаем не на квантовых компьютерах и потому эффект запутанности нам недоступен. Мы можем править Объект или локально, или на сервере. Но не одновременно в двух местах!

Итого. Судя по тексту вашей процедуры, вам вообще Источник передавать не нужно - передавайте сразу ДокументОснования. Но если предполагается, что на сервере Объект нужно изменить, то а) запишите его локально, б) передайте на него Ссылку, в) на сервере прочитайте по Cсылке, г) после изменения на сервере запишите Объект в базу, д) после возвращения потока управления на клиент, прочитайте Объект из базы по Ссылке.

1) отключить режим совместимости
2) написать свою функцию поиска, которая будет в цикле искать до тех пор пока искомая подстрока встречается и последнее найденное будет первым с права.