Нашел решение, запишу тут, вдруг кому поможет.
Оказывается 1С хорошо с unix сокетами работает. Вот так добавляется база:
![5ddbb5c613852500650878.png](https://habrastorage.org/webt/5d/db/b5/5ddbb5c613852500650878.png)
В адресе сервера указывается путь к папке с сокетом. Перед этим нужно дать доступ пользователю от имени которого работает служба 1С к самому сокету.