Для разработки мобильной версии приложения используется обычный конфигуратор (на котором создаются конфигурации прикладных решений), в конфигурации есть свойство "Назначение использования". Если оно установлено в "Приложение для мобильной платформы" тогда меняются некоторые типовые обработчики и сам вид формы. То есть она уже адаптируется под мобилку.
Для сборки исходного приложения существует специальная конфигурация от 1С. Но лично мне было удобнее просто через загрузку конфигурации с сервера. То есть существует 2 способа работы: сборка APK или установка самой платформы на телефон, а в ней уже создается база, конфа для которой грузится с публикации (Apache/IIS)