Ну можете избавиться от цикла, брать исходный код файла, и менять в нем через preg_replace str_replace
Процедурно писать конечно интересно, но можно воспользоваться стандартной библиотекой php
SPL
Там есть крутые итераторы для работы с фс, с файлами, ещё есть фильтр итератор.
С их помощью можно чуть сложнее, но как по мне правильнее пройтись по файлам