я хочу, чтобы мой сайт находился в папке /home/danforth/www/
Зачем, простите? Домашний каталог юзера danforth предназначен для файлов юзера danforth - в том числе для настроек различных систем. Некоторые файлы могут хранить весьма любопытную для посторонних информацию. Это все равно что на винде разместить файт в каталоге профиля пользователя.
Сайты, не имеющие отношения к юзеру danforth, лучше размещать вне его домашнего каталога, например в /var/www (как это обычно делается в линухе) или в /usr/local/www (как во FreeBSD).
mysql работает от юзера mysql, остальные не знаю - у меня апач :) работчющий - внезапно - от юзера apache :) Есть еще ruby, модуль passenger работает от юзера nobody