Здесь есть некоторые здравые мысли, но в основном идея неверная.
snap - это "переносимое" (portable) приложение, если в терминологии винды. Он содержит все дополнительные библиотеки, которые могут ему понадобится, ровно так же как это делает винда (из-за чего на компе может находиться по десять копий одной библиотеки разных версий)
apt же устанавливает "обычный" пакет, который зависит от системных библиотек. И все. Больше между ними разницы нет.
Что касается безопасности, то все двояко. С одной стороны, snap может содержать в себе библиотеку, в которой нет уязвимости, которая есть в системной, с другой стороны, когда я фиксю системную библиотеку, я устраняю в ней уязвимость - но не в snap!
snap предоставляет большую безопасность
Нет. Не большую и не меньшую. Такую же.
через apt настройка зависимостей лежит на пользователе
Нет. На сборщике пакета.
Мессенджеры все равно как устанавливать - они сливают данные не потому что скомпроментированы сторонними людьми, а потому что так с ними договорились...