Вирус - не может.
А вот троян - легко. Все, что доступно пользователю - под угрозой.
Можно посмотреть на firejail с ключами private и chroot, настрогать скрипт запуска wine в песочнице - и запускать накачанное им, и только им.
P.S. Специально для оптимистов: первый запуск свежеустановленного Wine в Убунту 22.04
Sapienti sat.