Если развертывается свой CA, то в винде к контейнер "Доверенные корневые..." помещается сертификат этого CA. После этого все сертификаты, выпущенные в этом CA (и в его подчиненных CA, буде есть такие) - станут валидными.
Для линуха скопировать сертификат в /etc/ssl/certs (или куда настроено в openssl) может быть недостаточно, нужно линк создавать.
Насчет именри в сертификате - для веб-сервисов проверяется поле CN, в нем должно быть совпадающее имя.
Какой сертификат здесь имеется в виду?
Сертификат сервиса. Корневой должен находиться в /etc/ssl/certs