Есть множество тонкостей.
Один из главных вопросов - физик или юрик. Второй - что за проект, продающий или нет.
Если просто для физика, для сайта, рассказывающего о строении Вселенной - достаточно будет и бесплатного сертификата, где бы его ни взяли. Ему, конечно, не будут доверять многие - но в этом случае это пофиг. При выдаче выполняется упрощенная проверка - достаточно подтвердить факт владения доменом и подтверждать он будет только факт наличия домена и того, что он принадлежит Вам.
Если сайт для юрика - при выдаче сертификата будет более расширенная проверка, потребуется передать копии учредительных документов, скорее всего будет обратный контрольный звонок. Сертификат будет подтверждать не только наличие домена, но и наличие конторы и то, что ее наименование соответствует тому, что в сертификате. Расширенная проверка дает еще больше гарантий, но и стоит дороже.
Если сайт продающий - не слушайте тех, кто советует letsEncrypt/StartSSL - для продающего сайта лучше убить жабу и купить сертификат у нормального регистратора.
Где-то в январофевральском номере "Системного администратора" была статья "РУЦЕНТР: Получаем сертификат в общепризнанном УЦ" про тонкости общения с Geotrust и Comodo и вообще о выпуске сертификатов.