1. Админу - админово. Поставить, завести юзеров, раздать права, создать базы. Уметь забэкапить БД, таблицу и восстановить ее средствами phpmyadmin, например. Уметь выполнить скрипт по созданию структуры таблиц "изнутри" консоли mysql, прочитать его вывод, найти ошибки, исправить (это как правило, отсутствующая либо наоборот присутствующая БД/таблица). Все, необходимое для того, чтобы приложение работало.
2. Изучение различий (при наличии например пакетов последних версий обеих типов). Наличие пакета под нужный дистриб, архитектуру, версию etc.
3. Читать маны. Пробовать. Документации много, но к сожалению, нигде не сказано "Вы покрутите этот параметр и вот это изменится вот на столько" - потому что задачи у всех разные
4. Правильным действием является прежде всего бэкап БД непосредственно перед обновлением :)
5. Не всегда. Если обновление движка потянет за собой обновление еще чего-нибудь, есть шанс, что например часть сайта после такого обновления просто не заработает :) Поэтому - бэкап, бэкап и еще баз бэкап!
6. По принципу необходимости для задачи всех фишек InnoDB. БД c небольшими таблицами, в которых например частичные блокировки не нужны - проще будет держать на MyISAM - он быстрее, его бэкап проще.
