>изучение вопроса показало, что практически все популярные бесплатные скрипты написаны на PHP.
>Значит нужно изучать PHP!
Это как делать вывод о том, как должно работать государство, посмотрев на Россию.
Если коротко, то сейчас нужно разрабатывать сайты либо на Ruby, либо на Python. Для новеньких проще именно Ruby. Для очень сложных сайтов можно и Java. Больше здесь о выборе инструментария не напишу, т.к. слишком много оно требует времени и текста — можешь написать в личку и задать вопросы.
Что же о MVC, так это не что-то конкретное, а просто паттерн, идея, не иначе.
Твой вопрос можно свести к тому, нужно ли изучать веб-фреймворк или достаточно будет знания PHP.
PHP, Ruby, Python — только языки программирования, не более того. У PHP, конечно, есть возможность разработки «вот так», но это всегда было и будет дурным тоном. Сначала нужно изучить язык, а затем инструментарий для разработки приложения. Это как изучить из чего состоит бетон и начать строить дом: огромное время процесса будет занимать построение и создание инструментов, которые уже есть. В случае с веб-девом, ты будешь создавать свой аналог веб-фреймворка и паттерна MVC.
Ну а теперь конкретно, по вопросам:
1) Я могу дать ссылки, но очень хочу чтобы ты задумался над тем, так ли тебе нужно брать «ColdFusion сегодняшних дней».
2) Быдлокод.
3) Если ты привык оформлять большие проекты в виде нескольких файлов кода, любишь гордиться, когда приходится говорить «у меня вот есть функция в 2342ой строчке кода», то ты писал быдлокод и нужно переучиваться. Судя по всему, это было не совсем так, ведь разделение на под-файлы это есть модульность при разработке, это удобно, т.к. каждый файл включает в себя одну функциональность всей структуры проекта.
В случае же с php, там есть сама необходимость в разделении файлов. Больше можешь узнать из истории создания PHP.
4) NetBeans используют знакомые, любят.
Структуру проекта строит веб-фреймворк, делает он это в виде создания поддиректорий, вроде: модели, контроллеры, шаблоны. В результате, создание проекта очень легко и просто, это можно делать даже в блокноте. Я работаю в Emacs и мне хватает дерева проекта с редактором.
«Рисовать» схему проекта нет смысла, т.к. кроме как для тебя, программиста, она не будет ничего значить, да и иметь больше смысла, чем даёт команда unix tree, оно не даст.
5.1) Вёрстка HTML она всегда вёрстка HTML. Просто для добавления динамики используются специальные языки шаблонизаторов. На самом деле ничего они такого сложного не требуют: ты просто пишешь HTML-код, но где оно нужно, вставляешь элементы логики. Т.е., где нужно вставить число посетителей, ты, вместо числа, пишешь что-нить вроде: {{ mynum }}.
5.2) MVC, как вообще паттерны проектирования, нужны везде и всегда. Игнорирование их приводит к созданию велосипедов.
6) Ты хотел писать свой веб-фреймворк(а так и было бы) на PHP, реализацию паттерна MVC, но не хочешь писать магазин с нуля?
Просто иди сюда:
rusrails.ru/ Там ты найдёшь ответы на все вопросы, найдёшь лучший инструмент для начинающего веб-разработчика.