1. Запрос на повышение прав потребует от пользователя ввода пароля. Лучше использовать runas, тогда пароль нужно ввести только первый раз.
2. Запускать батник через планировщик
В биос смотри настройки ssd. Нужно включить возможность загрузки с этого диска. Было так на новом пк, ssd не отображался в бут меню, пока включил возможность загрузки в настройках биос.
Попробуйте для начала глянуть через файловый менеджер, например тотал коммандер. Если скрытых нет, пробуйте проги для восстановления, в том же тотале есть плагин для восстановления удалённых файлов.
Восстановить можно с помощью ПО типа getdataback. А после восстановления флешку лучше прошить с помощью утилиты найденной (на сайте usbdev.ru) под ваш контроллер.
Вы должны будить пк с другого пк в той же локальной сети как в инструкции анидеск. Можно будить через веб морду роутера, только надо разрешить к нему доступ из интернета. Или со смартфона, но роутер все равно нужно настроить.