Я, может быть, не совсем в тему, но не подойдёт ли вам TeamViewer?
Бесплатный для личного использования, очень удобный.

>> в итоге данные в момент работы резерва на него и пишутся

если я правильно понял, после того, как основной сервер поднимется, на резервном у вас остаются уникальные данные, и отсюда возникает потребность в объединении результатов?
Если это так, то у вас проблема не в объединении двух запросов, а в том, что после восстановления основного сервера первым делом необходимо синхронизировать его с резервным, и дальше работать только с основным.

А почему, собственно, требуется бездырочность?

Если правой кнопкой нажать на номере строки, номер подсвечивается зелёным, и справа от окна с кодом появляется зелёная отметка-линк. Я пользуюсь такими 'закладками', если их немного — этого достаточно.
Эти закладки хранятся и между сенансами.

Ещё обращу внимание на сочетания «alt+влево/вправо». Они перемещают к предыдущему/следующему контексту, в котором вы работали. Однако в Zend, как минимум моей древней версии 5.1, это работает просто-таки по-идиотски, перемещая, например, не в предыдущую функцию, с которой я работал, а тупо на предыдущее положение курсора.
Достаточно хорошо такое перемещение работает, наример, в NetBeans.

Ctrl+shift+R — открывает список последних открытых файлов.

Munin это больше статистика, для мониторинга сервисов больше подойдёт monit + mmonit. Он простой и умеет мониторить и перезапускать сервисы, легко расширяется своими руками. Правда, у бесплатной версии mmonit есть ограничения.