Если правой кнопкой нажать на номере строки, номер подсвечивается зелёным, и справа от окна с кодом появляется зелёная отметка-линк. Я пользуюсь такими 'закладками', если их немного — этого достаточно.
Эти закладки хранятся и между сенансами.
Ещё обращу внимание на сочетания «alt+влево/вправо». Они перемещают к предыдущему/следующему контексту, в котором вы работали. Однако в Zend, как минимум моей древней версии 5.1, это работает просто-таки по-идиотски, перемещая, например, не в предыдущую функцию, с которой я работал, а тупо на предыдущее положение курсора.
Достаточно хорошо такое перемещение работает, наример, в NetBeans.
Ctrl+shift+R — открывает список последних открытых файлов.