учитесь работать с переменными в name space:
в head - script выводите все значения которые вам нужны и присваиваете параметрам
потом эти параметры используете где угодно в js коде
код js в данном случае засовывать в пхп нет никакой необходимости, пусть сидит в отдельном файле .js
ns.email_exists = $email_exists; // true
if(ns.email_exists) .... // показать сообщение
хотя такую валидацию лучше делать через ajax call