мне необходимо чтобы он попадал туда из диска S, папки_А и т.д. и при этом не видел содержимое попутных папок.
В рамках идеологии назначения прав в NTFS приемлемого решения Вы не найдёте. Чтобы "увидеть" подпапку в папке, но при этом не "видеть" файлы этой папки, Вам необходимо, чтобы и на папку, и на подпапку были прямо назначены права, причём в случае папки - применяемые только к этой папке. Что говорит о том, что Вам придётся использовать прямое назначение прав на папки Департамент_1, папка_А, папка_B и папка_C. Подобный подход - прямой путь к горе прямых назначений и итоговому бардаку.
Навскидку вижу два решения.
Первое - создание отдельного DFS-узла, выводящего непосредственно в целевую папку. Как по мне - самое логичное решение. Право на узел даётся группе, пользователь включается в группу - и всё. Если кому-то ещё понадобится дать право - его тоже в эту группу. Папка при этом будет корнем, и "подняться" из неё некуда.
Второе - вывод пользователя непосредственно в эту папку средствами файловой системы. Ярлык, симлинк... Чем плохо - тем, что при этом у пользователя отображается полный путь папки, и он может попытаться "подняться выше", с весьма логичным сообщением об ошибке доступа.