<nav>много разного текста включая разные html теги</nav>.
<nav></nav>
либо через sql запрос либо через плагин? update test
set html = replace(
html,
substr(
html,
locate('<nav>', html, 1) + 5,
locate('</nav>', html, locate('<nav>', html, 1))-locate('<nav>', html, 1) - 5
), '');
SELECT html, REGEXP_REPLACE(html, '<nav>[^<]*</nav>', '')
FROM test;
UPDATE test
SET html = REGEXP_REPLACE(html, '<nav>[^<]*</nav>', '');