1. Сначала сделать полную копию диска командой dd, затем делать регулярно, например, по крону, синкать, предварительно примонтировав
rsync -av --exclude=/dev --exclude=/proc / /media/disk
2. В случае, если будете использовать rsync + ntfs-3g, например, проблем быть не должно. К сожалению не помню, какая там ФС на «Зарезервировано системой», его, возможно, dd проще будет, если он стандартные 100М.
3. В случае с rsync'ом с запуском из линукса проблем не будет
4. Будет копироваться разница, нагрузки большой быть не должно.
5. fstab можно банально прогонять sed'ом, например, после синка, получив предварительно для каждого необходимого раздела UUID, если они различаются. Как уже выше сказали, UUID можно поменять. Но по идее проблемы с одинаковыми UUID маловероятны.
Врать не буду, это только теоретически, надо попробовать, чтобы, например, нагрузку оценить.