Adamos

libreoffice --headless --convert-to txt file.docx 
cat file.txt | uniq -u > file1.txt
libreoffice --headless --convert-to docx file1.txt

У вас вся организация больше ничего не делает, кроме отправки исходящих?
Решается задача элементарно, мини-сайтиком на РНР + mpdf, но неужели это единственная задача, требующая автоматизации?

HTML-портянка со вставками %ПОД_ЗАМЕНУ%. Любой офис ее откроет, как родную.
А прогиб именно под M$-офисный формат в данном случае - первый шаг на Темную сторону.

Также, я уже обращался с подобным вопросом на ru.stackoverflow.com и мне написали, что из XML-файла можно вытащить все, что угодно.

Это правда, но есть один нюанс: как из этого "чего угодно" отрисовать формулу - знает только майкрософтовский пакет. А вам данные из этого XML не дадут ровным образом ничего. Открытость по-майкрософтовски.
Все, что вы можете сделать - это открыть документ в Офисе и попробовать экспортировать его в какой-нибудь реально распространенный графический формат. Можно попробовать начать с PDF...

В общем случае формат PDF для обратной конвертации непригоден.
Текст из него еще можно попытаться вытащить - есть, например, открытый pdftotext - но это будет только текст, и то не факт, что не порванный в клочья.

Чтобы собрать этот хаос обратно в том виде, каким он был до превращения в PDF, придется применять чисто эмпирические хаки. ABBYY, ориентируясь на клиентов, может себе позволить копаться в этом мусоре. Искать же свободные и/или бесплатные аналоги бесполезно.