В общем случае формат PDF для обратной конвертации непригоден.
Текст из него еще можно попытаться вытащить - есть, например, открытый pdftotext - но это будет только текст, и то не факт, что не порванный в клочья.
Чтобы собрать этот хаос обратно в том виде, каким он был до превращения в PDF, придется применять чисто эмпирические хаки. ABBYY, ориентируясь на клиентов, может себе позволить копаться в этом мусоре. Искать же свободные и/или бесплатные аналоги бесполезно.
