Adamos

потребовалось поставить докер, mysql и php (всё таки не только с вёрсткой и javascript-ом нужно работать). И снова куча попутных обновлений. Итог этих обновлений - сейчас система фризит и тормозит

Причина не в обновлениях, а в банальной нехватке памяти после установки этого добра.
Никакой дистрибутив сам по себе не уменьшит аппетиты IDE, браузера и серверов.

#/etc/default/grub
GRUB_GFXMODE=1440x900

Сами по себе программы важными данными не являются и бэкапить их смысла нет. Равно как и прятать в шифрованный контейнер.
Под Линуксом, как правило, не требуется шаманить с кряками, а настройки программ лежат в файлах в домашней папке. Так что сбэкапить их тоже не проблема, а вместо перетаскивания программ проще сразу ставить их через систему оркестрации и потом применять тот же сценарий на другой целевой машине.
В общем, если разобраться с Линуксом, скорее всего, вы обнаружите, что вот эта описанная вами система под Винды - это лютые говно и палки и можно жить гораздо проще.

возможно вопросы необычные, но точно на них никто не ответил

Обычно такая ситуация означает, что вы сами не понимаете, что вам нужно сделать, и упорно ломитесь даже не в закрытую дверь, а в стену рядом с дверью. Причем, возможно, открытой.
Разбираясь с мало кому известной программой, бессмысленно выдумывать свои сценарии ее использования и приставать с ними к людям, которые эту программу в глаза не видели. Нужно искать, где общаются пользователи этой программы (возможно, с ее разработчиками), и читать про их опыт, приспосабливая его под свои нужды.

20 гиг Линуксу более чем достаточно. Остальное может жрать Винда.

Теоретически, Линукс можно изучать и в виртуалке.
На практике, правда, оказывается, что Линь в виртуалке не заставляет вас решать проблемы в Лине и вы все время выпадаете в Винду. Ничему в результате не обучаясь.

Дайте угадаю главную причину проблемы: флешка отформатирована в NTFS.

Ну, разучите вторую команду:
sudo du -hd 1 /
Вместо последнего подставляете тот путь, по которому предыдущая команда показала максимум.
Если оно внутри /home/{user}, то можно без sudo.

На машине винда, что ли, стоит? Зайти в нее, запустить проверку системного диска.

Кали.Классика.
Правда, вместо того, чтобы поставить "крутой хакерский" дистрибутив и прибежать сюда с первой же ошибкой, "хакер" даже поставить его не может и прибежал сюда с этим.
Вот зачем тебе та Кали, мил человек, если ты даже такую фигню не можешь нагуглить? Никакой инструмент не сделает тебя круче, если ты не готов потратить время и силы им овладеть.

Совет: взять исходники того шелла, который взят за образец, и посмотреть, как это сделано в нем.

Если это требуется и это дозволено - просто добавьте dom в sudoers.

В ответах совершенно правильно отправили учить линуксовые права.
Но забыли отметить, что удаление файла - это операция не над файлом, а над папкой, в которой он лежит. Нужны права на запись в нее, чтобы создавать или удалять файлы.
Поэтому здесь вообще не играют права файла - -rw-r--r--/apache/apache.
А решают права папки: drwxr-xr-x/apache/apache.
В которых, правда, у пользователя, по принадлежности его к группе apache, такой же доступ - только на чтение.

This error is probably caused by an invalid /etc/fstab

Это случаем не про переход с обозначения дисков /dev/sda1 на UUID=...?

Это редактор, его при закрытии волнуют только не сохраненные документы.
Не хочешь, чтобы закрывался без спроса - внеси хотя бы один пробел правки.

Первая же ссылка по запросу - https://askubuntu.com/questions/698409/script-for-...

Вот и выросло новое поколение, которому после "Нажмите Enter" нужно писать "Отпустите Enter".