Сами по себе программы важными данными не являются и бэкапить их смысла нет. Равно как и прятать в шифрованный контейнер.
Под Линуксом, как правило, не требуется шаманить с кряками, а настройки программ лежат в файлах в домашней папке. Так что сбэкапить их тоже не проблема, а вместо перетаскивания программ проще сразу ставить их через систему оркестрации и потом применять тот же сценарий на другой целевой машине.
В общем, если разобраться с Линуксом, скорее всего, вы обнаружите, что вот эта описанная вами система под Винды - это лютые говно и палки и можно жить гораздо проще.
