Они и будут автоматически меняться при переключении ветки. Не совсем понятен вопрос.
Желательно перед переключением сохранить всё незакоммиченное. Либо коммитом, либо stash.
Webstorm скорее всего умеет делать stash автоматически, но если изменения конфликтуют с веткой, на которую переключаетесь, то придётся разруливать.
